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联合国粮农组织、世界卫生组织警告说，农药在多种作物的过度使用和滥用、高毒农药的危害、食品中的农药残留等问题，不仅危及全球的食品安全和公众健康，还将引发多种自然灾害，使可持续农业和农村的发展成为阻碍。
土地被有毒化
虽然很多农药毒性很低，不能对人直接造成急性毒害，但它们常常是高环境残存物质。以硫丹为例，硫丹在水中的半减期长达150天，不仅能够以水为媒介进入植物体内，而且进入后可长期以有机氯化合物的形态长期存留在脂溶性组织中。硫丹的蒸气压力很低，还能够以蒸气的形态在空气中长期漂移并在其他水域降落污染附近土壤。
我国使用硫丹历史尚短，但已给各地土壤污染带来严重后果，而且，还有其他农药也在残害土地。有关方面数据显示，我国因污水灌溉而遭受污染的耕地达3250万亩。官方也承认目前我国土地尤其是耕地污染非常严重。据调查，全国受污染的耕地约有1.5亿亩，几乎占到了中国耕地总面积的十分之一。
滥用农药危及饮水安全 污染最终进入人体
即使没有化肥农药等造成的污染，工矿企业废水污灌等对水源的间接污染已经使之不堪重负，加上土地上的农药随灌溉用水汇入江河湖泊，水域污染更进一步恶化。目前，全国有70%的江河水系受到污染，其中40%基本丧失了使用功能，流经城市的河流95%受到严重污染。
大量化学品被投入耕地，造成耕地污染后，不利于植物生长，导致农作物减产甚至绝收。耕地中的有毒物质最终要回到人体，因为有毒物质被植物吸收积累后，通过食物链进入人体，并继续在人体内聚集。最终引发各种疾病。反季节果蔬等违背规律的种植、养殖模式，更让农药、激素等充斥各种食品。
浪费资源导致地球温室效应
联合国粮农组织农药残留联会秘书长范格特博士(Dr.Gero Vaagt)在2008年国际食品农产品质量安全管理策略报告会上曾指出农药化肥滥用的危害，不仅是食品质量安全出现隐患，而且全球气候变暖等现象皆与全球农药市场存在的一些问题有关。
农药化肥造成温室效应并非危言耸听，因为氮肥会通过化学反应产生二氧化氮，这是一种温室气体，还会消耗臭氧，影响到大气中的臭氧层，进一步造成气候变暖。
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